在连云港办理食品经营许可证的流程如下：

准备相关材料：在办理食品经营许可证之前，需要准备一些相关材料，包括企业营业执照、法定代表人身份证复印件、食品经营许可证申请表、食品安全管理制度等相关材料。

提交申请：将准备好的材料提交给连云港市的食品药品监督管理部门。可以通过窗口提交或网上提交两种方式。

现场核查：连云港市的食品药品监督管理部门会对申请材料进行审核，并安排现场核查。现场核查主要是对企业的生产经营场所、设施设备、人员卫生等进行检查，确保符合食品安全要求。

审核材料：核查通过后，连云港市的食品药品监督管理部门会对申请材料进行审核。审核主要包括材料的真实性、完整性和准确性等方面的检查。

颁发许可证：审核通过后，连云港市的食品药品监督管理部门会颁发食品经营许可证。许可证的有效期一般为5年，但需要注意的是，在许可证有效期内，企业需要遵守相关法律法规和规定，保证食品的质量和安全。

需要注意的是，在办理食品经营许可证的过程中，需要遵守相关法律法规和规定，提供真实、准确、完整的材料，并确保生产经营场所、设施设备、人员卫生等符合食品安全要求。此外，还需要加强日常管理，严格控制食品安全风险，保证食品的质量和安全。